Les manuscrits arabes et orientaux en Egypte sont au nombre de 110 mille manuscrits . Cette collection est classée deuxième après celle de la Turquie. La Bibliothèque Nationale possède  collection de 57 mille manuscrits. Celle-ci compte parmi les plus précieuses  au monde, vu les divres sujets  et les différentes calligraphies écrites par les auteurs des manuscrits ou par les chefs-religieux. Cette collection comporte aussi un nombre de copies du Coran sacré parmi lesquelles on trouve des copies rédigées sur le cuir de gazelle et dont la plus ancienne date de 77 (H). Celles-ci appartiennent à El Imam Hassan El Bassry ( parmi les collections Talaat n.50 ). On y trouve également une collection de Corans mamlouks qu'ont donnés les Sultans mamlouks à leurs écoles au Caire. Cette collection a été transférée à la Bibliothèque Nationale vers la fin du siècle dernier. De même , on compte une collection rare de manuscrits persans décorés d'imges (miniatures), d'ornements dorés et de merveilleuses couleurs.
	Jusqu'à 1916, la B.N comptait   19 mille manuscrits, jusqu'à 1916, dont 3458  représentant la collection de Mostafa Fadel et qui sont indiqués au catalogue par la lettre (M). Ils comprenaient de même 2473 manuscrits turcs, 335 manuscrits persans, et 345 manuscrits accordés par Mohamed Mahmoud Ben El Talamize Al Shankitty. Ces manuscrits ont été confiés à la Bibliothèque Nationale après sa mort en 1322 (H)/1904(G). Ils sont indiqués par la lettre (sh) dans les catalogues. En plus, on compte 189 Corans (dont 27 écrits avec la calligraphie koufique sur la peau de gazelle) . Il y a aussi les manuscrits d'Ali Pacha Moubarak qui ont été versés à la B.N en 1895,  deux ans après sa mort.
	Le plus ancien de ces manuscrits est la seule copie du « Message des Principes du Fiqh », rédigé par El Imam Mohamed Ben Idris El Shafaay et écrit par son ami El Rabia Ben Soliman El Moradi, au troisième siècle de l'hégire . Cette copie est adoptée par El Shafaay et datée de l'an 265 (H) . Elle fait partie de la collection de Mostafa Fadel, et est conservé sous le numéro 41, Principes du Fiqh.

 

	Dès 1929, plusieurs bibliothèques ont été ajoutées à la Bibliothèque Nationale. Ces bibliothèques ont triplé le nombre de manuscrits que possèdait déjà la Bibliothèque Nationale. Ces bibliothèques sont :  La bibliothèque de Koula instituée par Mohamed Ali Pacha à sa ville natale de Koula  . Elle a été jointe à la Bibliothèque Nationale en 1929, et ne comporte que des manuscrits au nombre de 3440 . La bibliothèque du Prince Ibrahim Halim qui comprend 641. La bibliothèque de Khalil Agha : ses manuscrits sont au nombre de 686 volumes. La bibliothèque d'Al Imam El Sheik Mohamed Abdou . Le nombre de ses manuscrits est  de108 . La bibliothèque d'Ahmed Talaat Bey décédé en 1346 (H),1927(G). Ses manuscrits sont au nombre de 9549 volumes. La bibliothèque d'El Taymouria d'Ahmed Taymour pacha. Elle a été annexée à la B.N. après sa mort en 1348 (H),1930(G). Ses manuscrits sont en 1482 volumes. La bibliothèque d'El Sayed Ahmed El Husseiny (245 volumes).
	Ces bibliothèques privées sont les plus importantes qui ont été annexées à la Bibliothèque Nationale.
	Il y a d'autres bibliothèques moins importantes qui y ont été jointes et ont porté le nombre total de manuscrits à 38583 volumes jusqu'à la fin de 1954 comme la bibliothèque d'Al Sayed Wagih El Emary, la bibliothèque d'Al Sayed Omar Makram, la bibliothèque d'Ahmed Abi Khatwa, et la bibliothèque d'Al Sayed Ali Galal El Housseiny.

 

Bernardo Moretz,  directeur de la Bibliothèque Nationale entre 1896 et 1911 a publié un livre où il a présenté une fresque sur le contenu de la Bibliothèque: des livres précieux , des Corans, des papyrus arabes, et des manuscrits représentant tous la calligraphie arabe et son évolution tout au long de mille années.

 

Le département des manuscrits de la Bibliothèque Nationale a publié, en 1989, un guide décrivant les Corans, les manuscrits arabes et persans, les instruments d'écriture , et les premiers imprimés exposés à l'exposition de la B.N.